Santa Llogaia d’Àlguema forma part de la comarca de l’Alt Empordà, província de Girona. El terme municipal té una extensió de 2 km² i 42 m d’altitud.
Els límits del terme municipal són al nord amb Figueres i El Far d’Empordà, a l’est amb Vilamalla, al sud amb Borrassà i a l’oest amb Vilafant.